Comme c’est généralement le cas pour les textes légaux, les dispositions de la CIIS laissent aux autorités d’application une marge d’interprétation. Dès lors qu’il en est fait usage, des différents peuvent survenir entre cantons. Il est donc nécessaire d’avoir des mécanismes permettant de régler ces conflits, pour les cas où trouver un consensus s’avère impossible.
Lorsque deux cantons ont un différend relatif à l’application de la CIIS et ne peuvent pas trouver de consensus, ils peuvent se tourner vers le SG CDAS et demander l’ouverture d’une procédure de médiation ou d’arbitrage. D’autres options existent en parallèle.
Le Comité de la Conférence de la convention CIIS a adopté en 2013 une Recommandation en matière de règlement de différents. Ce document prévoit deux voies possibles pour les cantons. La première est d’ouvrir une procédure devant la Conférence des gouvernements cantonaux (CdC) selon les art. 31 et suivants de l’Accord cadre pour la collaboration intercantonale assortie d'une compensation des charges (ACI). La seconde voie est de requérir auprès du Secrétariat général de la CDAS (SG CDAS) l’ouverture d’une procédure de médiation ou d’arbitrage.
Le rôle du SG CDAS est généralement d'assurer le bon déroulement de ces procédures. Pour diriger les séances de médiation ou d'arbitrage, il fait toutefois appel à un·e spécialiste externe. Le secrétariat possède donc l'expérience nécessaire pour mener à bien ces porécures, qui ont l'avantage d'être nettement simplifiées par rapport à celle proposée par l'ACI. Les conditions devant être remplies pour que le SG CDAS ouvre une procédure de médiation ou d’arbitrage sont définies dans la Recommandation en matière de règlement de différents et résumées dans une fiche d’information du SG CDAS.
Le SG CDAS, n’est pas compétent et refuse de se prononcer sur des litiges concrets entre cantons hors du cadre des procédures de médiation ou d’arbitrage. Il se tient toutefois à disposition des offices de liaison CIIS cantonaux pour répondre aux questions techniques concernant l’application de la CIIS. Il ne constitue cependant pas un centre de conseil juridique et ne fournit pas d’informations juridiques contraignantes.
