Le secrétariat général de la CDAS est chargé de préparer et d’accompagner, au niveau scientifique et administratif, les affaires de l’Assemblée plénière, du Comité ainsi que de la Commission consultative.
En qualité de secrétariat administratif, le Secrétariat général de la CDAS soutient la coordination à l’intérieur des cantons dans le domaine de la politique sociale et représente les cantons dans les commissions et groupes de travail de la Confédération et d’autres institutions. En outre, il veille à ce que les cantons soient solidement informés et documentés, de même que leurs interlocuteurs et les milieux concernés.
Le secrétariat général est divisé en sept domaines spécialisés qui correspondent aux thèmes prinicpaux suivants : sécurité sociale (assurances sociales et aide sociale), politique en faveur des personnes handicapées, addiction, famille et société, aide aux victimes, enfance et jeunesse ainsi que migration (logement et l’encadrement de requérantes et requeréants d’asile).
En outre, la CDAS est la gardienne d'un concordat : Convention intercantonale relative aux institutions sociales (CIIS).