La compensation des coûts peut se faire aussi bien selon la méthode D (principe de la couverture du déficit) que la méthode F (principe du forfait). Un canton répondant peut employer différentes méthodes au sein du même domaine CIIS.
Les modalités de financements sont décrites en détail au chiffre 7 de la directive CIIS relative à la compensation des coûts et à la comptabilité analytique du 1er décembre 2005. Les cantons signataires encouragent le passage de la méthode D à la méthode F.
Les six cartes synoptiques sous les documents à télécharger présentent les méthodes de compensation des coûts en vigueur dans les cantons en 2019, en distinguant lesdites méthodes par domaine A, B, C et D.
