Für den Vollzug und die Weiterentwicklung der IVSE sind eigene Organe vorgesehen. Ihre Aufgaben und Kompetenzen sind in der Vereinbarung und im Organisationsreglement näher geregelt.
Oberstes Organ ist die Vereinbarungskonferenz (VK) IVSE, dem die Vorsteherinnen und Vorsteher der kantonalen Sozialdepartemente angehören. Der Vorstand VK IVSE erfüllt politisch-strategische Aufgaben und ist für alle Entscheide zuständig, die nicht in die Kompetenz eines anderen Organs fallen. Die Plenarversammlung, der Vorstand SODK und die für die Rechnungsprüfung der SODK zuständige kantonale Finanzkontrolle nehmen die Aufgaben der entsprechenden Organe gemäss IVSE wahr.
Auf fachtechnischer Ebene sind die Schweizerische Konferenz der Verbindungsstellen IVSE (SKV
IVSE) und die vier Regionalkonferenzen (RK) als Organe der IVSE vorgesehen. Zu den ständigen Aufgaben der SKV IVSE gehört es, ihr unterbreitete Anliegen für eine Weiterentwicklung des Regelwerkes der IVSE zu prüfen und gegebenenfalls dem Vorstand SODK einen Antrag zu unterbreiten. Weiter beantwortet sie Fragen aus Fachkreisen (Antworten der SKV IVSE auf häufig gestellte Fragen - FAQ) im Zusammenhang mit der Umsetzung der IVSE und sie fördert den interkantonalen Erfahrungsaustausch.
Jeder Kanton bezeichnet mindestens eine kantonale Verbindungsstelle. Verbindungsstellen sind Ansprechpersonen für die anderen Vereinbarungskantone, für die sozialen Einrichtungen und für die SODK. Als operativ tätige kantonale Fachbehörden bearbeiten sie Gesuche für die Kostenübernahmegarantien. Sie sind zuständig, Mutationen über die in ihrem Kanton der IVSE unterstellten Einrichtungen in der Datenbank IVSE umgehend nachzuführen.
