Das Generalsekretariat der SODK ist verantwortlich für die fachliche und administrative Vorbereitung und Begleitung der Geschäfte der Plenarversammlung, des Vorstandes sowie der Beratenden Kommission.
Als Geschäftsstelle fördert das Generalsekretariat SODK die Koordination innerhalb der Kantone im sozialpolitischen Bereich und vertritt die Kantone in Kommissionen und Arbeitsgruppen des Bundes und weiterer Institutionen. Ferner sichert es eine kompetente Information und Dokumentation der Kantone, der weiteren Partner sowie aller übrigen Interessierten.
Der Tätigkeitsbereich des Generalsekretariats teilt sich in sieben Fachbereiche auf: Soziale Sicherheit (Sozialversicherungen und Sozialhilfe), Behindertenpolitik, Sucht, Familie und Gesellschaft, Opferhilfe, Kinder und Jugend sowie Migration (Unterbringung und Betreuung von Asylsuchenden).
Darüber hinaus ist die SODK die Hüterin eines Konkordats: Interkantonale Vereinbarung für Soziale Einrichtungen (IVSE).